幼いころから魔法の力を使うことが出来た少女エミリー・ブライトは、とある事件から魔法を使うことの代償を学ぶと同時に、魔術師たちが創設した魔法学校ストレンジ・アカデミーに招待される。自身の力について学ぶためアカデミーへの入学を決めたエミリーは…

スカーレット・ウィッチと呼ばれる魔女ワンダ・マキシモフと、その師であり他界していながらも魂として現世に残り続けているアガサ・ハークネスは、この世から魔術の力が衰退しているということに気づく。二人は原因を突き止めるべく世界中を旅することにな…